Правительство США решает ввести в игру проект "СТРАЖИ"  Узнав об этом Чарльз отправляется в Вашингтон, оставляя за главного Скотта. Перед отъездом он ловит некоторых учеников в опасной комнате, куда им запрещено было заходить. Руж, а ты думала я уеду не наказав тебя Провинившимся теперь запрещается покидать пределы школы. Хотя и остальным тоже устроен комендантский час. Ученики возмущены, некоторые подчиняются, другие же на свой страх и риск предпринимают тайные вылазки в ночной город...
Профессор так и не возвращается, не давая о себе никаких известий. Нескольких учеников, вышедших на прогулку ночью, пытаются захватить стражи, начинается драка. Скотт увидев срочный выпуск новостей собирает небольшой отряд(в ходе игры будет ясно кто в него войдет) и отправляется в город. Возвратившись в школу Скотт в гневе, он понимает что теперь начнется, проект "Стражи" будет действовать. Скотт решает лететь за профессором, не зная сколько это может занять времени и чем все кончиться, он создает новую команду из учеников. Они должны будут действовать только в крайнем случае. Команда ИКС улетает за профессором, новые икс-мены совершают осторожные вылазки, действуя против стражей.
Магенетто понимает что переговоры ни к чему не приведут начинает осуществление собственного, давно разрабатываемого проекта "Астеройд М" он понимает что поднимая его на орбиту он не сможет отвлекаться на постороннее, а именно на на действие обороны воздушных сил правительства. Для этого ему нужна Руж, она должна проникнуть и захватить контроль над штабом ВВС. Зная что сам он не перетянет Руж на свою сторону, то дает это задание Пиро.
В Нью Йорке появляется Рейчел, пройдя сквозь портал, она должна была остановить Пиро, но что то случается при переходе и Феникс подчиняет себе Рейчел. Рейчел переходит на сторону Магнетто...

БОЛЕЕ ПОДРОБНО В ЛИЧНЫХ КВЕСТАХ